Am 22. April 1945 wurde Hohenschönhausen von den sowjetischen Streitkräften eingenommen und dort gelegene Standorte der Wehrmacht und relevante Fabrikanlagen wurden besetzt. In diesem Zusammenhang kam es auch zu vielen Verhaftungen und Erschießungen.
Um die Häftlinge internieren zu können, wurde im Mai 1945 auf Befehl des NKWD (Volkskommissariat für innere Angelegenheiten bzw. Ministerium für innere Angelegenheiten der UdSSR) auf dem Gelände der Großküche der Nationalsozialistischen Volkswohlfahrt und der beiden NS-Zwangsarbeiterlager in der Genslerstraße das “Speziallager 3” als Haftarbeitslager aufgebaut. 10.000 bis 12.500 Personen durchliefen das Lager bis zu seiner Auflösung im Oktober 1946, 3.000 bis 3.500 Häftlinge sind dabei umgekommen. Die verbliebenen Häftlinge wurden 1946 nach Sachsenhausen verlegt.
Nach dem Aufbau des Speziallagers 3 begann sich der NKWD nach möglichen Standorten für weitere Gefängnisse umzusehen. Im August 1945 wurde die Fleischmaschinenfabrik Richard Heikes beschlagnahmt und in ein Gefängnis umgewandelt. Heike war zusammen mit seiner Haushälterin und einem Freund erschossen worden, sein Sohn wurde festgenommen, interniert und später in die Sowjetunion deportiert.
Richard Heike hatte das Grundstück seiner Fabrik vermutlich 1935 erworben und anschließend bebauen lassen. Seit 1900 waren in der Nähe des Industriebahnhofes Hohenschönhausen bereits zahlreiche Industriebetriebe ansässig. Hohenschönhausen galt als prosperierendes Industriegebiet.
Die Maschinenfabrik ist ein einfacher, schlichter Bau. Er besteht aus einem ehemals zweigeschossigen, später aufgestockten, flach eingedeckten, klinkerverblendeten Verwaltungsbau. Einziges Schmuckelement ist ein Zahnfries unter der Traufe. An das Verwaltungsgebäude grenzen zwei eingeschossige Fabrikbauten an. Der Verwaltungsbau ist unterkellert. Parallel zum Fabrikgebäude, entlang der Lichtenauer Straße, wurde außerdem ein eingeschossiger langgestreckter Klinkerbau errichtet. Er besitzt drei zum Hof gerichtete Eingänge und diente später als Haftkrankenhaus.
Im Frühjahr 1947 wurden die ersten Gefangenen in der Maschinenfabrik interniert. Der Keller war in einen fensterloseren Zellentrakt umgewandelt worden. Die Zellen waren 2 × 3 Meter groß und besaßen weder Frischluftzufuhr noch Tageslicht, es existierte lediglich eine kleine Lüftungsklappe im Deckenbereich. Da einige Zellen sogar geflutet werden konnten, trägt dieser Zellentrakt den berüchtigten Namen “U-Boot”.
Das als “Industriekombinat” bezeichnete Gefängnis wurde bis März 1951 zuerst vom NKWD und dann vom sowjetischen Ministerium für Staatssicherheit unterhalten. Danach überließ man es dem Ministerium für Staatssicherheit der DDR, das es als zentrale Untersuchungshaftanstalt weiterführte. In diesem Zusammenhang wurde das Hauptgebäude um zwei verputzte Geschosse aufgestockt und durch ein weiteres dreigeschossiges Gebäude zu einem annähernd U-förmigen Gebäudekomplex erweitert. Im winkelförmigen Trakt dieses Anbaus war der Verwahrbereich und im T-förmigen Trakt der Vernehmungsbereich untergebracht. Der Hofbereich war durch Eisentore abgeschottet.
Auch die Bauten an der nördlichen und südlichen Begrenzung der Haftanstalt wurden verändert. Das an der Lichtenauer Straße gelegene Haftkrankenhaus erhielt ein zweites verputztes Geschoss und ein Krüppelwalmdach. An der nördlichen Mauer wurden Hauswerkstätten eingerichtet, in denen Gefangene aus dem nicht-politischen Strafvollzug arbeiten mussten.
Mit dem Zusammenbruch des DDR-Regimes wurde die Untersuchungshaftanstalt geschlossen. Seit 2000 ist in ihr die Stiftung Gedenkstätte Berlin-Höhenschönhausen beheimatet, die das von der DDR-Staatssicherheit begangene Unrecht aufarbeitet und das Gelände der Öffentlichkeit in unverändertem Zustand zugänglich macht.