2009 beschlossen die Berliner Bodendenkmalpflege im Landesdenkmalamt Berlin und die BVG die Durchführung großflächiger Ausgrabungen im Vorfeld des Weiterbaus der U-Bahnlinie 5 im Zentrum von Berlin. Die größte Fläche war hierbei das Areal des künftigen U-Bahnhofes „Rotes Rathaus“ im ehemaligen mittelalterlichen Stadtkern. Hier befanden sich u. a. die Baubefunde des alten Berliner Rathauses sowie von 14 ehemaligen Hausstellen und Grundstücken sowie die Lauf- und Planierschichten der Rathausstraße ab dem 13. Jahrhundert auf etwa 110 m Länge.
Das alte Rathaus war der älteste Profanbau der Stadt. Es wurde 1865 im Zuge der Fertigstellung des Roten Rathauses abgebrochen. Der Rückbau erfolgte auf Empfehlung des Berliner Magistrats vorsichtig, so das die Fundamente dieses alten Bauwerkes im Boden verblieben. Im Verlauf der archäologischen Untersuchungen zeigte sich, dass die Baubefunde des Rathauses – trotz mehrerer Störungen durch moderne Versorgungsleitungen – noch gut erhalten waren. So konnte die wechselvolle Bau- und Nutzungsgeschichte des Gebäudes, das um 1300 in Ziegelstein erbaut worden war und eine Größe von etwa 17 × 39 m umfasste, durch viele Funde und Befunde rekonstruiert werden.