Der gotische Backsteinbau in Form einer Basilika mit vierjochigem Langhaus, einschiffigem Langchor und polygonalem Chorabschluss datiert an das Ende des 13. Jahrhunderts. Die eindrucksvolle Architektur und Lage der Kirche südlich des ehemaligen Hohen Hauses, einer bis zum Jahre 1411 genutzten Residenz des Landesherrn, macht deutlich, dass die Klosterkirche für die Brandenburgischen Markgrafen größere Bedeutung besaß. Für deren Bau überließ der Landesherr einen Teil seines Besitzes dem Bettelorden. Im 14. Jahrhundert wurde die Kirche mehrfach als landesherrliche Begräbnisstätte genutzt.
Nach der Fertigstellung der Kirche muss mit dem Kreuzgang begonnen worden sein. Davon zeugen noch sichtbare Ränder der Gewölbekappen, die in das Feldsteinmauerwerk der Nordwand eingearbeitet worden sind. Genaue Datierungen gibt es erst für die jüngeren Gebäude der Klausur. Der Bau des Kapitelhauses, eines zweigeschossigen Hallenbaus, erfolgte von 1471 bis 1474. Der Nordflügel, der mit besonderen Sterngewölben ausgestattet war, wurde von 1516 bis 1518 nördlich an das Kapitelhaus angebaut.