Dennoch blieb die Charité eine eigene Körperschaft und damit ein „Königliches Krankenhaus“. Erst in der DDR wurden die theoretischen Institute der Universität und die Kliniken unter dem Dach der Charité zusammengeführt. Forschung, Lehre und Krankenversorgung lagen damit erstmals in einer Hand. Nach der Wende wurde dieser Prozess mit der Integration der klinischen Einrichtungen und medizinischen Fachbereiche der Freien Universität fortgesetzt und 2003 zum Abschluss gebracht. In zwei Schritten fusionierte erst das Rudolf-Virchow-Klinikum im Norden, dann das Universitätsklinikum Benjamin Franklin im Süden mit der Charité. Es entstand die „Charité Universitätsmedizin Berlin“ als Gliedkörperschaft der Humboldt-Universität zu Berlin und der Freien Universität Berlin.
Heute zählt die Charité zu den größten Universitätskliniken Europas. Hier forschen, heilen und lehren Ärzte und Wissenschaftler auf internationalem Spitzenniveau. Das Renommee der Charité wird auch an der großen Zahl der deutschen Nobelpreisträger für Medizin und Physiologie deutlich, die aus dieser Forschungseinrichtung kommen. Zu den bekanntesten Persönlichkeiten gehören Emil von Behring, Robert Koch und Paul Ehrlich.