Chipperfield hatte nicht vor, den Stülerbau originalgetreu wiederherzustellen. Die Schäden des Krieges und der Verfall des Museums sollten in der Architektur sichtbar bleiben – neue und alte Bauteile sollten sich deutlich voneinander abheben. Architekt Chipperfield meinte in diesem Zusammenhang: „Am Ende fragt man sich, ob andere die Arbeit verstehen. Berlin ist eine Stadt mit so vielen historischen Schichten. Unser Umgang mit der Geschichte ist da vielleicht nicht ganz falsch.“
Als herausragendes Projekt wurde das ehemalige Treppenhaus in einer zeitgenössischen Architektur wieder hergestellt und beeindruckte an den Tagen der Offenen Tür die Besucherinnen und Besucher. Hier hätte Chipperfield den Spätklassizismus wiederherstellen können. Stattdessen hat er aus alten Ziegelsteinen, einem neuartigen Beton aus Weißzement, vermischt mit sächsischem Marmor, etwas Neues geschaffen. So radikal wie beim Treppenhaus ist Chipperfield nicht an allen Stellen vorgegangen. Die Verluste an der alten Bausubstanz sind trotzdem überall sichtbar. Mosaikböden haben zum Teil Leerstellen, Mauerwerk ist nur stellenweise verputzt, Säulen wirken teilweise wie angenagt und restaurierte Fresken an Decken und Wänden sind unvollständig. Diese wiederhergestellten Spuren des ursprünglichen Baus wurden von den Besuchern genauso bewundert, wie die vielen erkennbaren Ausbesserungen. Großartig fügt sich alles zu einem neuen Ganzen – zum wirklich neuen Neuen Museum.
