Auf Empfehlung von Max Liebermann, einem seiner engsten Freunde und Kollegen, wurde Zille 1924 zum Mitglied der Preußischen Akademie der Künste benannt. Von seiner großen Popularität in allen Bevölkerungsschichten zeugt auch die Retrospektive „Zilles Werdegang“ im Märkischen Museum anlässlich seines 70. Geburtstags.
Heinrich Zille verstarb ein Jahr später, am 9. August 1929, nach einem Schlaganfall in Berlin und wurde auf dem Waldfriedhof Stahnsdorf mit einem Ehrenbegräbnis beigesetzt. Über 2000 Menschen, darunter Reichstagspräsident Paul Löbe und Käthe Kollwitz, mit der Zille eine lange Freundschaft verband, erwiesen ihm die letzte Ehre. Sie nahmen Abschied von einem Künstler, der sich als Anwalt der Armen und Entrechteten verstand und das Gewissen einer resignierten Gesellschaft aufrütteln wollte. Er zeichnete die Menschen in ihrem Milieu, wie er sie sah – mit allen Freuden und Problemen des Alltags.
Nach dem Tod Zilles wurde der Ruf nach einem eigenen Museum für den Berliner Ehrenbürger laut. Doch in den Jahren nach dem Zweiten Weltkrieg war sein Werk verstreut worden. Ein Teil ist 1944 verloren gegangen, als seine Tochter Margarete aus Vorpommern vertrieben wurde. Andere Teile wurden über die gesamte Bundesrepublik verteilt. Seit 1999 engagiert sich die von Urenkel Hein – Jörg Preetz – Zille gegründete Heinrich-Zille-Gesellschaft Berlin e. V. für die Errichtung eines Museums, in dem die Arbeiten würdevoll präsentiert werden können. Bereits am 14. August 2002 wurde das Zille-Museum in der Propststraße 11 eröffnet. Bei einem feierlichen Festakt mit dem Regierenden Bürgermeister Klaus Wowereit im Berliner Rathaus wurden symbolisch die Museumsschlüssel übergeben. In fünf Räumen auf zwei Etagen werden Leben und Schaffen geehrt. Jürgen Borgard, Ausstellungsleiter des Museums, möchte so viele Facetten des Künstlers wie möglich zeigen. Circa 150 Exponate
wurden dafür zusammengetragen. Oftmals werden Teile der Ausstellung umgestaltet, um „so viel wie möglich von Zille“ zeigen zu können. „Wir sind ein Ort der Begegnung“, freut sich Borgard über den großen Zuspruch aus der Bevölkerung. Die letzte „Lange Nacht der Museen“ lockte über 1200 Besucher in die kleine Ausstellung. Auch der Standort im historischen Nikolaiviertel wurde sorgfältig gewählt. Hier, an der 800 Jahre alten Wiege der Stadt, war Zille oft unterwegs. Ganz in der Nähe des heutigen Museums arbeitete er als Lithograph. Mit der Eröffnung der Dauerausstellung ging der Wunsch, Zille angemessen zu würdigen und seine Radierungen, Kohlezeichnungen, und Lithographien der Öffentlichkeit zu präsentieren, in Erfüllung.