Die Stufenzuordnung der Schulen gemäß Stufenplan erfolgt immer donnerstags schulscharf durch das zuständige bezirkliche Gesundheitsamt nach Absprache mit der regionalen Schulaufsicht. Dabei bewertet das Gesundheitsamt die Anzahl der positiven PCR-Tests und der Quarantäneanordnungen sowie das Infektionsgeschehen im Einzugsgebiet der Schule. Die regionale Schulaufsicht bringt bei der Klärung der Stufenzuordnung zudem die personelle Situation in der Schule sowie die jeweilige bauliche Situation bzw. Lüftungssituation der Schule ein. Diese fünf Indikatoren sind für die Stufenzuordnung entscheidend.
Das bezirkliche Gesundheitsamt der Schule entscheidet auch über Quarantänemaßnahmen von schulischen Kontaktpersonen nach durch PCR-Test bestätigten Coronainfektionen. Die PCR-Nachtests erfolgen an den zentralen Teststellen des Landes Berlin. Betreffende Personen müssen sich nach dem PCR-Test umgehend in häusliche Isolation begeben. Fällt der PCR-Test positiv aus, ordnet das Gesundheitsamt die Quarantäne an. Dies gilt auch für Kontaktpersonen im schulischen Kontext, auch hier wird die Quarantäne durch das Gesundheitsamt und nicht durch die Schule angeordnet. Die Schulen stehen mit den bezirklichen Gesundheitsämtern in Kontakt. Wenn Schulen ihr Gesundheitsamt nicht erreichen können, vermittelt die regionale Schulaufsicht.
Schülerinnen und Schüler machen in der Schule regelmäßig Schnelltests. Bei ihnen erfolgt die Freitestung nach 5 Tagen mittels PCR oder Schnelltest. Kita-Kinder, bei denen keine regelmäßige Testung erfolgt, können am 5. Tag mittels PCR-Test bzw. am 7. Tag mittels Schnelltest freigetest werden.
Schülerinnen und Schüler sowie Kita-Kinder, die als Kontaktperson identifiziert worden sind, werden durch ihre Schule bzw. Kita dem zuständigen Gesundheitsamt gemeldet und bekommen über ihre Schule oder ihre Kita eine Quarantänebescheinigung ihres zuständigen Gesundheitsamtes. Die Vorlage der Quarantänebescheinigung in einem der zwölf senatseigenen Testzentren berechtigt zum kostenlosen Freitesten.
Künftig werden Lolli-Antigen-Schnelltests für die Testung von Kindern den Berliner Kitas zur Verfügung gestellt. Dies hat die Senatorin für Bildung, Jugend und Familie Sandra Scheeres am 18. November im Abgeordnetenhaus bekannt gegeben. Der Vorteil der Lollitests besteht darin, dass sie für Kleinkinder leichter anwendbar sind. Die Kinder können unter Anleitung den Lolli in den Mund stecken und einige Zeit warten. Danach wird der Lolli aus dem Mund genommen. Nach wenigen Minuten ist das Ergebnis ablesbar. Der für manche Kinder unangenehme Nasen- oder Rachenabstrich entfällt.