Gemäß Artikel 11 der FFH-Richtlinie müssen die EU-Mitgliedsstaaten den Erhaltungszustand aller Schutzgegenstände der Anhänge I, II, IV und V überwachen. Zu diesem Zweck wird in Deutschland ein Monitoringsystem aufgebaut, in dem die häufigeren Schutzgegenstände über ein gemeinschaftliches Monitoringsystem abgedeckt werden. Methoden und Bewertungen sind bundesweit einheitlich abgestimmt. Die Aufgaben werden anteilig auf die Länder und den Bund verteilt. Seltene Schutzgegenstände sind jedoch in jedem Berichtszeitraum (d.h. alle 6 Jahre) vollständig zu kontrollieren.
Darüber hinaus werden nach Bedarf flächige Erhebungen und qualitative wie quantitative Untersuchungen nötig sein, um die Berichtspflicht adäquat erfüllen zu können. Außerdem sind im Bedarfsfall Monitoringuntersuchungen auf lokaler, regionaler und überregionaler Ebene durchzuführen (z.B. nach Eingriffen, lokalen oder übergeordneten Beeinträchtigungen von Schutzgegenständen und als Erfolgskontrolle durchgeführter Maßnahmen).