Auf der Basis der Steckbriefe der 34 Zielarten wurde eine Vielzahl von Einzelmaßnahmen zusammengestellt. Bei der Aggregation auf Lebensraumkomplexe überwiegen deutlich Maßnahmen, die sich auf feuchte und nasse Standorte beziehen. Rund 50 % der Zielarten sind an diese Lebensräume gebunden. Durch einige dieser Maßnahmen (wie z.B. die Umgestaltung von Uferbereichen) können besonders viele Zielarten gefördert werden.
Flusssysteme wie Havel und Spree sind für die an Wasserlebensräume gebundenen Arten von großer Bedeutung und sind die Verbindung zwischen dem Umland und dem Zentrum der Stadt. Daher ist die Wiederherstellung der Durchgängigkeit der Gewässer für Wasserorganismen, wie sie im Rahmen der Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) der EU angestrebt wird, auch eine wichtige Aufgabe im Sinne des Biotopverbundes. In Berlin stellen mehrere Schleusen ein unüberwindbares Hindernis dar. Der Bau von Fischtreppen ist für einige Schleusen, Wehre und Stauanlagen an den Flüssen und kleineren Fließen in Planung.